目的 DNA 甲基化微單倍型是指極短范圍內多個甲基化位點的組合,其單倍型具有豐富的多樣性。 篩選和驗證小鼠血液中年齡相關的 DNA 甲基化微單倍型。
方法 首先,構建基于小鼠參考基因組的 DNA 甲基化 微單倍型理論數據集。 其次,利用網絡數據庫中小鼠血液 DNA 甲基化高通量測序信息,采用 Spearman 秩相關分析 方法篩選年齡相關的 DNA 甲基化微單倍型。 最后,以驗證數據集交叉驗證。
結果 小鼠基因組中 50 bp 范圍內的 DNA 甲基化微單倍型位點數量共計 6787 142 個,由個位數的 CpG 位點所組成的 DNA 甲基化微單倍型占比 98.64%。 在 58 個小鼠血液樣本中共篩選出 5835 個年齡相關的 DNA 甲基化微單倍型( Spearman 秩相關檢驗, |rho | > 0.5, P < 0.01),在 DNA 甲基化微單倍型中占 0.086%。 最后,在 95 例獨立的樣本中對具有高相關性的前 100 個年齡相關的 DNA 甲基化微單倍型進行驗證,最終得到 44 個位點。
結論 本研究篩選出的年齡相關的 DNA 甲基化微單倍型可以為后續小鼠血液表觀年齡預測及衰老研究提供借鑒。
閱讀原文:小鼠血液中年齡相關的DNA甲基化微單倍型的篩選與驗證.pdf
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